Il nome Cantù deriva probabilmente dai Canturigi, termine per indicare la popolazione che abitò la regione Insubria - che da Pavia arrivava oltre Bellinzona in Svizzera - nel VI secolo a.C.

Il primo nome attribuito al centro abitato è però Galliano, nome con chiaro riferimento celtico: si trattava di un borgo fortificato, che per la sua posizione in cima ad una ripida collina - il colle San Paolo - ebbe spesso un ruolo dominante.

Nel 196 a.C. fu conquistata dai Romani che la inglobarono nel municipio Novum Comum (Como); probabilmente da qui passava l'antica strada Milano-Como, di importanza strategica per il commercio.

Tra il V ed il VI secolo d.C.  la città divenne 'pieve', cioè circoscrizione religiosa e si staccò da Como,  col nome di Canturio.

Alla fine del X secolo divenne parte della  curtis di Intimiano, paese vicino, nel Distretto della Martesana controllato da Milano.

Partecipò nel XII secolo ad una lunga guerra contro Como che fu distrutta e devastata nel 1127.

Nel XIII secolo Canturio fu contesa tra le famiglie lombarde Torriani - Visconti ed i Grassi, fino a che nel 1324 si dichiarò Repubblica indipendente e lo rimase per 10 anni per poi passare sotto gli Sforza nel XV secolo.

Nel 1500 circa divenne feudo dei Pietrasanta, che vi fecero costruire un castello, di cui ora è rimasto solo l'antica torre, trasformata poi in campanile della Chiesa di San Paolo.

Con la nascita della Repubblica Cisalpina nel 1797, Cantù entrò a far parte del Distretto di Lario.